魔法——這不是傳說或童話的產物，而是發展至今將近一個世紀的現實技術。今年春天，持有施展魔法能力的「魔法師」培育機構「魔法科高中」，某位少女將入學就讀。容貌秀麗、完美無缺的優等生——她的名字叫「司波深雪」。深()雪夢想著和()一同入學()的()哥()哥——達也過著親密的高中生活，但擋在她面前的是一科生與()二科生——優等()生與()劣()等生的高牆……!? 由愛慕哥哥之心更勝親情的妹妹——深雪的視角()所鮮活描繪的，另一個「魔法科高中」在此上演。