城市在恢复平静后，大反派重新召()集旧部卷土重来，并勾结外星()恶势()力朗格试图称霸地球，忍者神龟莱昂纳多（皮特·普劳泽克 Pete Ploszek 饰）、拉()斐尔（阿兰·里()奇森 Alan Ritchson 饰）、多纳泰罗（杰瑞米·霍华德 Jeremy Howard 饰）和()米开朗基罗（诺尔·费舍 Noel Fisher 饰）与女记者艾蓓丽尔·奥尼尔（梅根·福克斯 Megan Fox 饰）、韦恩·芬威克（威尔·阿奈特 Will Arnett 饰），及面具义警凯西·琼斯（斯蒂芬·阿梅尔 Stephen Amell 饰）并肩作战打击恶徒。在史()莱德（布莱恩·泰 Brian Tee 饰）逃脱拘留后，他与疯狂的科学()家巴克斯特斯·托克曼（泰()勒·派瑞() Tyler Perry 饰）及其两个笨拙的左膀右臂猪面和牛头联合，发布了一个控制世界的恶魔计划。在神龟们与史()莱德及()其同伙对抗的同时，他们发现自己正面临着一个更邪恶的力量()大()反派()格朗，神龟们面对的将是宇宙级的强大对手。